• 1. Le PCF dans la guerre. De Gaulle, la Résistance, Staline, Paris, Ramsay, 1980, 585 p.
• 2. Le communisme (en coll. avec Marc Lazar), Paris, MA Editions, 1987, 271 p.
• 3. Qui savait quoi de l’extermination des Juifs, 1941-1945 (en coll. avec Adam Rayski), Paris, La Découverte, 1987, 236 p.
• 4. Le sang de l’étranger. Les immigrés de la MOI dans la Résistance (en coll. avec Denis Peschanski et Adam Rayski), Paris, Fayard, 1989, 472 p.
• 5. Testament (en coll. avec Boris Holban), Paris, Calmann-Lévy, 1989, 324 p.
• 6. Comrades and Brothers. Communism and Trade Unions in Europe (en coll. avec M. Lazar et M. Waller), Londres, Frank Cass, 1991, 204 p.
• 7. Cinquante ans d’une passion française. De Gaulle et les communistes (sous la dir., en coll. avec Marc Lazar), Paris, Balland, 1991, 342 p.
• 8. L’Affiche rouge. Immigranten und juden in der französichen resistance ( en coll. avec D. Peschanski et A. Rayski), Berlin, Schwarze Risse Verlag, 1993, 388 p.
• 9. Rigueur et passion. Mélanges offerts en hommage à Annie Kriegel (sous la dir., en coll. avec Marc Lazar et Shmuel Trigano), Paris/Lausanne, Cerf/Age d’homme,
1994, 464 p.
• 10. Histoire du parti communiste français (en coll. avec M. Lazar), Paris, Presses universitaires de France, coll. « Thémis », 1995, 440 p.
• 11. Remarques sur un rapport (à propos de l’affaire Pierre Cot), Nanterre, GEODE/Université Paris X, 1995, 74 p.
• 12. Eugen Fried. Le grand secret du PCF (en coll. avec Annie Kriegel), Paris, Seuil, 1997, 430 p.
• 13. Le Livre noir du communisme (en coll.), Paris, Robert Laffont, 1997, 846 p.
• 14. Il Libro negro del comunismo, Barcelone/Madrid, Planeta/Espasa, 1998, 866 p.
• 15. Carta neagra a comunismului, Bucarest, Humanitas/Academia civica, 1998, chapitre supplémentaire sur le communisme en Roumanie et carte des lieux de
répression, 788 p.
• 16. Das Schwarzbuch des Kommunismus, Munich Pipper Verlag, 1998, avec deux chapitres supplémentaires sur la répression en RDA, 988 p.
• 17. O livro negro do comunismo, préf. de José Pacheico Pereira, Lisbonne, Quetzal Editores, 1998, 878 p.
• 18. Le Livre noir du communisme, Paris, Robert Laffont, coll. « Bouquins », 1998, 924 p.
• 19. Il Libro nero del comunismo, Milan, Mondadori, 1998, 770 p.
• 20. Cerna kniha komunismu, Prague, Paseka, 1999, 2 vol., 416 p. et 320 p.
• 21. Cierna kniha komunizmu, Bratislava, Agora, 1999, 702 p.
• 22. Crna knjiga komunizma, Sarajevo, Bosancica Print, 1999, 810 p.
• 23. Kommunismens svarta bok, Stockholm, Kokförlaget DN, 1999, 780 p. 28
• 24. Zwartboek van het communisme, Amsterdam/Anvers, Uitgeverij De Arbeiderpers, 1999, 1083 p.
• 25. Czarna Kziega komunizmu, Varsovie, Proszynski i S-ka, 1999, 740 p.
• 26. Tchernata kniga na komunisma, Sofia, Prosorev, 1999, 768 p.
• 27. Crna Knjiga komunizma, Ljubliana, Mladinska knjiga, 1999, 974 p.
• 28. The Black Book of Communism, Cambridge (Mass.)/Londres, Harvard University Press,1999, 856 p.
• 29. Tchernar kommunisma kniga, Moscou, 1999, 766 p. (avec préf. d’Alexandre Yakovlev, ex-conseiller personnel de M. Gorbatchev).
• 30. Le Livre noir du communisme, Paris, Pocket, 1999, 1130 p.
• 31. L’Histoire du PCF (en coll. avec M. Lazar), Paris, Presses universitaires de France, coll. « Thémis », 2000, 2e édition revue et augmentée, 480 p.
• 32. Komünizmin Kara Kitabi, Ankara, Dogan Kitapçilik, 2000, 1030 p.
• 33. A kommunizmus fekete könyve, Budapest, Nagyvilag, 2000, 856 p.
• 34. Juodoji komunizmo knyga, Vilnius, Leidykla Vaga, 2000, 1072 pages.
• 35. Libri i zi komunizmit, Tirana, Besa, 2000, 692 p.
• 36. Kommunismi must raamat, Tallin, Kirjastus Varrak, 2000, 976 p. (avec préf. du Président de la République et chapitre supplémentaire sur le communisme en Estonie par Maart Lar, ex-premier ministre).
• 37. Kommunism musta Kirja, Helsinki, Werner Söderström Osakeyhtiö, 2000, 866
p.
• 38. I mauré biblos tou kommounismou, Athènes, Kollarou et Zias, Bibliopoleïon tis « Estias », 2001, 866 p.
• 39. O Livro Negro do Comunismo, Rio de Janeiro, Bertrand Brasil, 1999, 918 p.
• 40. Regards sur la crise du syndicalisme (sous la dir., en coll. avec Dominique Labbé), Paris, L’Harmattan, coll. « Logiques sociales », 2001, 222 p.
• 41. Quand tombe la nuit. Origines et émergence des régimes totalitaires en Europe (sous la dir.), Lausanne, L’Age d’homme, 2001, 416 p.
• 42. « Du passé faisons table rase ». Histoire et mémoire du communisme en Europe (sous la dir.), Paris, Robert Laffont, 2002, 574 p.
• 43. « Ein Gespenst geht um in Europa ». Das Erbe kommunistischer Ideologien (sous la dir. et en coll. avec Uwe Backes), Cologne/Weimar/Vienne, Bölhau Verlag, 2002, 454 p.
• 44. Une si longue nuit. L’apogée des régimes totalitaires en Europe (sous la dir.), Paris, Editions du Rocher, 2003, 534 p.
• 45. Courtois la Sighet, Bucarest, Fundatia Academia Civica, 2003, 304 p.
• 46. Das Schwarzbuch des Kommunismus 1. Unterdrückung, Verbrechen un Terror, (nouvelle édition), Munich, Piper, 2004, 1002 p.
• 47. Das Schwrzbuch des Kommunismus 2. Das schwere Erbe der Ideologie, (traduction en allemand de Du passé faisons table rase ! Histoire et mémoire du communisme en Europe), Munich, Piper, 2004, 542 p.
• 48. Du passé faisons table rase !, traduction bulgare, Sofia, Prosopeu, 2004, 560 p.
• 49. Le jour se lève. L’héritage du totalitarisme en Europe, 1953-2005 (sous la dir.), Paris, Editions du Rocher, 2006, 470 p.
• 50. Il libro nero del comunismo europeo (traduction en italien de Du passé faisons table rase !), Milan, Mondadori, 2006, 494 p.
• 51. La vérité des souterrains, entretiens d’Ismail Kadaré avec Stéphane Courtois, Paris, Odile Jacob, 2006, pp. 143-205.
• 52. Le Livre noir du communisme, traduction japonaise, Tokyo, Keigado Shuppan, 2006, 406 p.
• 53. Les logiques totalitaires en Europe (sous la dir.), Paris, Editions du Rocher, 2006, 614 p.
• 54. Communisme en France (sous la dir.), Paris, Editions Cujas/ICES, 2007, 290 p.
• 55. Dictionnaire du communisme (sous la dir.), Paris, Larousse, coll. « A présent », 2007, 639 p.
• 56. Ernst Nolte, Fascisme et totalitarisme, conception et préparation de l’ouvrage, Paris, Robert Laffont, coll. « Bouquins », 2008, 1022 p.
• 57. O Noapte atat de lunga. Apogeul regimurilor in Europa, 1935-1953 (sous la dir.), (traduction en roumain de Une si longue nuit), Bucarest, Editura Vremea, 2008,
608 p.
• 58. Gorna kniga komunismu, Lviv, Afitcha, 2008, 712 p.
• 59. Dictionarul comunismului (sous la dir.), (traduction en roumain du Dictionnaire du communisme), Iasi, Polirom, 2008, 750 p.
• 60. Retour sur l’alliance soviéto-nazie, 70 ans après, Paris, Fondation pour l’innovation politique, 2009, 16 p.
• 61. Communisme et totalitarisme, Paris, Perrin, 2009, 530 p.
• 62. Svartbok kommunismans (Le Livre noir du communisme, traduction islandaise), Reykjavik, Haskolautgalan, 2009, 828 p.
• 63. Le Livre noir du communisme, réédition Agora, octobre 2009, 1106 p.
• 64. Du passé faisons table rase ! Histoire et mémoire du communisme en Europe, réédition Agora, octobre 2009, 1020 p.
• 65. Le point aveugle de la mémoire européenne. Le 23 août 1939 : l’alliance soviéto-nazie, Bucarest, Fondation Académie civique, 2009, 142 p.
• 66. Pata oarba a memoriei europene, Bucarest, Fondation Académie civique, 2009, 136 p.
• 67. Das Handbuch des Kommunismus (sous ma dir.) (traduction allemande du Dictionnaire du communisme, avec un chapitre supplémentaire de Klaus Schroeder et Jochen Staadt, « Kommunismus in Deutschland »), Munich, Piper Verlag, 2010, 846 p.
• 68. Le bolchevisme à la française, Paris, Fayard, 2010, 560 p.
• 69. Comunism si Totalitarism (traduction en roumain de Communisme et totalitarisme), Iasi, Polirom, 2011, 272 p.
• 70. Le livre noir du communisme, traduction en géorgien, Tbilissi, Editions de l’Université d’Etat Ilia, 2011, 744 p.
• 71. Sortir du communisme, changer d’époque en Europe (sous ma dir.), Paris, Presses universitaires de France, 2011, 660 p.